성실신고 의료비 교육비 공제, 사업자도 받는다 (대학생 자녀 2명이면 216만원)

사업하는 분들이 이 공제를 놓치는 이유는 대개 법 조문 첫 줄에 있어요.

의료비·교육비 세액공제를 정한 소득세법 제59조의4는 공제받는 사람을 “근로소득이 있는 거주자”로 정해 두었어요.

이 문구를 한 번 보고 나면 “사업소득만 있는 나는 해당 없구나” 하고 거기서 검색을 멈추게 되죠.

그런데 답은 다른 법에 있어요.

조세특례제한법 제122조의3이 성실신고확인서를 낸 사업자에게 근로자와 같은 의료비·교육비 공제를 따로 열어 두었고, 월세 공제까지 함께 붙여 놓았어요.

소득세법만 보면 막혀 있는 길이 특례법 쪽에서는 뚫려 있는 셈이에요.

세무사에게 맡기면 알아서 챙겨주겠지 싶지만, 세무대리인이 들여다보는 건 주로 매출과 경비 장부예요.

자녀 등록금이나 가족 병원비는 사장님이 자료를 넘기지 않으면 신고서에 들어갈 계기가 없어요.

아래에서 대상 판별부터 실제 금액, 제출 절차까지 순서대로 정리했어요.

나도 성실신고확인대상자일까? 30초 판별

기준은 하나예요. 해당 연도 수입금액(매출)이 업종별 기준 이상인지만 보면 돼요.

업종	수입금액 기준
농업·임업·어업, 광업, 도소매업, 부동산매매업 등	15억원 이상
제조업, 숙박·음식점업, 건설업, 운수·창고업, 정보통신업, 금융·보험업 등	7.5억원 이상
부동산임대업, 전문·과학·기술서비스업, 교육서비스업, 보건업, 수리·개인서비스업 등	5억원 이상

확인 방법은 두 가지예요.
매년 5월 국세청 종합소득세 신고안내문에 ‘성실신고확인(S유형)’이라고 적혀 있으면 대상이에요.

홈택스에서는 [세금신고] → [종합소득세 신고] → [신고도움서비스 조회]에서 신고안내유형을 볼 수 있어요.

문제는 안내문이 5월에야 나온다는 거예요.

그때 대상인 걸 알면 이미 한 해 영수증이 흩어진 뒤죠.
그래서 연중에 부가가치세 신고서의 과세표준(면세사업자는 사업장현황신고 수입금액)을 합산해 위 표와 비교해 보는 게 좋아요.

그리고 안내문에 S유형이 안 떴다고 대상이 아닌 건 아니에요.

판단 책임은 사업자 본인에게 있고, 사업장이 여러 개면 업종별 환산 합산 방식이 따로 있어서 세무대리인 확인이 필요해요.

받을 수 있는 공제 한눈에 비교

항목	공제율	한도	근로자와 다른 점
의료비	15% (미숙아·선천성이상아 20%, 난임시술비 30%)	일반 연 700만원 (본인·65세 이상·장애인 등은 한도 없음)	총급여 대신 사업소득금액의 3%를 넘는 금액부터 공제
교육비	15%	대학생 1인당 연 900만원 취학 전·초중고 1인당 연 300만원 본인은 한도 없음	본인 직업능력개발훈련 수강료는 제외
월세	15% (종합소득금액 4,500만원 이하 17%)	월세액 연 1,000만원	종합소득금액 7,000만원 이하만 가능
성실신고 확인비용	60%	120만원	사업자 전용

표만 보면 근로자와 똑같아 보이지만, 실제 절세액을 줄이는 차이가 세 가지 있어요.
다른 글에서 잘 안 다루는 부분이에요.

1. 농어촌특별세 20%가 붙어요. 성실신고 사업자의 의료비·교육비·월세 공제는 농어촌특별세 과세 대상이라, 공제받은 세액의 20%를 농특세로 다시 내요. 근로자 연말정산에는 없는 부분이에요.
2. 최저한세가 적용돼요. 다른 감면과 합쳐 세금을 일정 수준 아래로 깎을 수 없어서, 감면이 많은 사업자는 공제가 일부 막힐 수 있어요.
3. 남는 공제는 사라져요. 의료비·교육비 공제는 사업소득에 대한 소득세에서만 빼고, 의료비·교육비·월세 공제 합계가 소득세보다 크면 초과분은 다음 해로 넘어가지 않아요.

이 공제를 신청하지 않으면 표준세액공제 연 7만원이 적용돼요.

둘 중 하나만 고르는 구조라, 의료비·교육비 지출이 조금이라도 있으면 대부분 공제 신청이 유리해요.

계산 예시: 대학생 자녀 2명인 사장님

위 계산은 공식 공제율을 적용한 가상 예시예요.

실제 세액은 다른 공제·감면과 최저한세에 따라 달라지고, 세무대리인 확인 수수료를 냈다면 그 60%(한도 120만원)를 별도로 더 공제받아요.

상황이 조금만 달라져도 결과가 바뀌니 아래 경우도 확인해 보세요.

상황	공제 대상 교육비	실제 절세액 (농특세 차감 후)
기본 예시	1,800만원	216만원
한 명이 국가장학금 300만원 수령	900만 + 600만 = 1,500만원 (장학금 등 비과세 지원분 차감)	180만원
한 명 등록금이 연 1,000만원	900만 + 900만 = 1,800만원 (1인당 한도 900만원)	216만원
한 명이 대학원생	900만원 (대학원 교육비는 본인만 공제)	108만원
자녀가 알바로 총급여 600만원	1,800만원 [확인 필요]	216만원

마지막 줄이 2026년에 바뀐 부분이에요.
예전에는 자녀 소득금액이 100만원(근로소득만 있으면 총급여 500만원)을 넘으면 교육비 공제를 못 받았는데, 2026년 1월 1일 이후 지출분부터 대학생 교육비의 소득요건이 폐지됐어요.

성실신고 사업자 공제는 근로자 규정을 그대로 가져다 쓰는 구조라 함께 적용될 것으로 보이지만, 사업자 적용을 명시한 국세청 해석은 아직 확인하지 못했어요.

신고 전 세무대리인에게 꼭 물어보세요.

또 소득요건이 없어진 건 교육비 공제뿐이라, 자녀 1인당 150만원 인적공제(기본공제)는 여전히 소득요건을 따져요.

2026년 지출분이 특히 중요한 이유

이 공제는 상시 제도가 아니라 기한이 정해진 특례예요.
지금 확정된 것과 아직 개정안인 것을 나눠 보면 이래요.

내용	상태	적용
의료비·교육비·월세 공제 적용기한 2026.12.31.	현행법 (확정)	2026년 지출분까지
적용기한 2029.12.31.로 연장	2026년 세제개편안 (국회 통과 전) [확인 필요]	통과 시 2027~2029년 지출분
공제대상 월세 한도 연 1,000만 → 1,200만원	2026년 세제개편안 (국회 통과 전) [확인 필요]	통과 시 2027.1.1. 이후 지급분
대학생 교육비 자녀 소득요건 폐지	소득세법 개정 (확정)	2026.1.1. 이후 지출분 (사업자 준용 여부 [확인 필요])

정리하면, 2026년에 쓴 의료비·교육비·월세는 지금 법으로 확실히 공제돼요.

2027년 이후 지출분은 연말 국회에서 세법이 통과돼야 확정돼요.

성실신고확인서, 어디서 떼서 어디로 내나요?

많이들 헷갈리는데, 성실신고확인서는 세무서에서 떼는 서류가 아니에요.
세무사 등이 사장님 장부와 증빙을 검토한 뒤 직접 작성하는 서류예요.

구분	내용
작성하는 사람	세무사, 공인회계사, 세무법인, 회계법인
제출하는 곳	납세지 관할 세무서장 (보통 세무대리인이 홈택스 전자신고 때 함께 제출)
2026년 귀속 기한	2027년 5월 1일 ~ 6월 30일(수) 일반 사업자(5월 31일)보다 한 달 연장
미제출 시	가산세 부과 + 의료비·교육비·월세·확인비용 공제 모두 불가

그러니까 사장님이 할 일은 서류를 떼는 게 아니라, 공제받을 자료를 세무대리인에게 넘기는 것이에요.

세무대리인은 장부 검토에 집중하느라 가족 의료비·교육비까지 먼저 챙겨주지 않는 경우도 있어요.

지금부터 챙길 체크리스트

• ☐ 올해 1~9월 매출을 합산해 업종별 기준과 비교했다
• ☐ 자녀 등록금 납입증명서, 장학금 수령 내역을 모아뒀다
• ☐ 가족 병원비·약값 영수증을 챙기고 있다 (실손보험 수령분은 공제 대상에서 빠짐)
• ☐ 무주택이라면 임대차계약서와 월세 이체 내역을 보관 중이다
• ☐ 2027년 1월 중순 이후 홈택스 연말정산 간소화 자료를 내려받을 계획이다
• ☐ 세무대리인에게 “의료비·교육비·월세 공제 반영”을 따로 요청한다
• ☐ 신고서 세액공제 항목에 금액이 들어갔는지 직접 확인한다

자주 묻는 질문

참고 법령·공식 안내

이 글의 수치와 요건은 아래 원문에서 직접 확인할 수 있어요. (2026.10.6 확인)

법령 (국가법령정보센터)

• 조세특례제한법 제122조의3 (성실사업자에 대한 의료비 등 공제) – 공제 대상, 공제율, 월세 요건, 적용기한, 추징
• 조세특례제한법 제126조의6 (성실신고 확인비용에 대한 세액공제) – 확인비용 60%, 한도 120만원
• 소득세법 제70조의2 (성실신고확인서 제출) – 대상 기준, 작성자, 제출 기한
• 소득세법 제59조의4 (특별세액공제) – 의료비·교육비 공제 범위와 한도 (사업자에게 준용)
• 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구) – 누락 공제 5년 내 경정청구

정부 안내·개정안

• 국세청 – 성실신고확인제도 안내 – 신고기한 연장, 의료비·교육비·월세 공제, 농어촌특별세·최저한세 적용
• 국세청 홈택스 – [세금신고] → [종합소득세 신고] → [신고도움서비스 조회]에서 신고안내유형 확인
• 재정경제부 – 2026 세제개편안 (한눈에 보는 정책) – 적용기한 2029년 연장, 월세 한도 1,200만원 개정안
• 삼일PwC – 2026년 세제개편안 요약 (PDF) – 조특법 제122조의3 현행·개정안 비교표
• 한국세무사회 – 국민과 기업이 알아야 할 2026 달라지는 세금제도 (PDF) – 대학생 교육비 소득요건 폐지 등 2026년 시행 개정사항

이 글은 2026년 10월 6일 기준 법령과 정부 개정안을 바탕으로 정리했어요. 세법 개정안은 국회 심의 과정에서 바뀔 수 있고, 실제 공제액은 개인별 소득·감면·최저한세에 따라 달라져요. 신고 전에는 담당 세무대리인이나 국세청 상담센터(126)에서 확인하세요.